Jusqu’alors les aides publiques devaient être déduites de l’assiette du CIR l’année de leur encaissement, ce qui pouvait amener l’entreprise, en raison parfois de décalages entre encaissement et début des travaux, à déduire des aides sur une assiette faible ou nulle en année n puis bénéficier d’une assiette de CIR non écornée en n+1.

La nouvelle approche de l’administration vise probablement à mettre fin à une « optimisation fiscale » bien souvent involontaire, ce qui est légitime. Néanmoins cette même administration ne pose pas le cas des aides encaissées à posteriori, sur justificatifs des dépenses. Sur quelles bases déclarer son CIR tant que le montant effectif de l’aide n’est pas certain ? L’entreprise doit-elle faire une déclaration rectificative chaque année pour prendre en compte les subventions effectivement confirmées ?